通常在高溫曲制造過程當中，所需要的細菌、芽孢菌、霉菌的數量上都是很多的，才能滿足這個過程當中的需要。一般來說高溫曲主要是由曲母、原料和環境等微生物組成的是個極其復雜的微生物群。在高溫曲中，細菌的數量比霉菌存在的數量要多得多，霉菌只是九牛一般的存在,但是也是不可或缺的一部分。因為高溫區中酵母和放線菌所占的比例比較少,所以可以使大曲內的菌系向繁殖細菌方向不斷的轉化，提高轉化率。高溫區中的高溫細菌所占的比例很高，高于其他種類的菌類。在高溫曲生產過程中,微生物發酵的情況和由它新陳代謝的酶的數量有很大的關系。在高溫加熱過程中培養出我們所需要的制作高溫曲所需要的高溫微生物和各種酶。